Le Missioni Trama sono quelle che fanno parte della vera e propria storia del gioco. La prima, per esempio, consisterà nel portare in salvo un Caterpie che si è perso nel Bosco Fiorito. Gli obiettivi di queste missioni sono molto vari: vanno dal salvataggio di un Pokémon allo sconfiggere un boss (generalmente un Pokémon leggendario come Articuno, Zapdos, Moltres, ecc.), all'esplorare interamente un Dungeon, perfino al dover fuggire dalle altre squadre (come vedrete proseguendo nel gioco). Il nome del Dungeon dove dovete svolgere una missione sarà contrassegnato da un punto esclamativo. Per sbloccare le Missioni Trama dovrete prima raggranellare un numero sufficiente di Punti Missione completando alcune Missioni Extra.

Le Missioni Extra sono quelle che non sono strettamente necessarie per proseguire nel gioco, ma che vi saranno utili per allenarvi o per accumulare Punti Missione. Potrete decidere di intraprendere una Missione Extra scegliendole tra le richieste di soccorso che troverete nella vostra cassetta delle lettere oppure tra quelle appese sulla bacheca davanti all'Ufficio Postale Pelipper. A quel punto vi basterà entrare nel Dungeon contrassegnato da una bustina aperta per iniziare la missione. Gli obiettivi possono essere di tre tipi:

• salvataggio: dovrete attraversare i piani di un Dungeon fino a trovare il Pokémon bisognoso di soccorso;
• consegna: dovrete trovare un determinato strumento all'interno di un Dungeon e consegnarlo al mittente della richiesta di soccorso;

• scorta: dovrete accompagnare il Pokémon mittente in un Dungeon fino a raggiungere il suo amico. In questo tipo di missione il mittente farà parte della vostra Squadra di Soccorso e dovrete proteggerlo fino alla fine, o la missione fallirà;

Al termine di ogni missione riceverete una ricompensa, che può essere costituita da Poké, strumenti o in alcuni casi da Aree Amico. Controllate sulle richieste di soccorso per sapere come verrete ricompensati al termine del vostro lavoro.

Intraprendere una Missione Extra è semplicissimo. Ci sono due modi per farlo: il primo, più comodo, è andare a dare un'occhiata alla cassetta delle lettere davanti alla vostra base. In questo modo visualizzerete tutte le richieste di soccorso che il postino Pelipper vi ha portato: selezionatene una con il pulsante A e cliccate su Accetta. Ora tornate indietro e andate su Missioni: qui troverete tutte le richieste di soccorso che avete accettato. Selezionatene una e premete Vai per intraprendere ufficialmente la missione. Se invece Pelipper non vi ha portato nulla o semplicemente le lettere che avete ricevuto non vi piacciono, potrete trovare altre richieste di soccorso appese alla bacheca dell'Ufficio Postale Pelipper; il metodo per selezionarle è sempre lo stesso. Ora che sapete tutto sulle missioni... buon lavoro, Squadre di Soccorso!