TRAMA

Prologo - Storia dell'Origine di Mewtwo
Quando alcuni esploratori del Team Rocket scoprono un fossile del leggendario Mew in un tempio sulla Cordigliera delle Ande, il capo dell'organizzazione Giovanni incarica uno scienziato decaduto, il Dottor Fuji, di creare un clone geneticamente modificato del piccolo Pokémon. Fuji ha cosě finalmente i finanziamenti necessari per proseguire i suoi studi sul processo di clonazione, volti inizialmente a rigenerare sua figlia Amber, scomparsa prematuramente insieme alla moglie. Seguento questo ambizioso programma vengono quindi generati ben tre embrioni clonati: Mewtwo, Bulbasaurtwo, Charmandertwo, Squirtletwo e Ambertwo, quest'ultimo realizzato a partire dal materiale genetico di Amber. Grazie ai suoi fenomenali poteri telepatici, Mewtwo entra in contatto con gli altri cloni, intessendo con loro un rapporto di forte amicizia. Tuttavia gli ostacoli della scienza fanno ben presto sentire il loro peso... Nessuno degli embrioni riesce a sopravvivere: solamente Mewtwo si salva, dimostrando un'energia vitale decisamente superiore alla norma. Passano gli anni e Mewtwo, ora completamente sviluppatosi, inizia a porsi domande sulla propria esistenza e risulta impossibile da controllare perfino per il Dottor Fuji: ben presto, furente per la scoperta di essere soltanto una cavia da laboratorio, sfugge al controllo dei suoi creatori
e dello stesso Giovanni per fuggire in un'isola sperduta da lui battezzata New Island.

Mediometraggio - Il Ritorno di Mewtwo
Ormai ravvedutosi sulla natura del genere umano, Mewtwo si rifugia insieme ai suoi Supercloni sul Monte Quena, nella regione di Johto. Prima di partire ha cancellato la memoria a tutti gli allenatori presenti alla sua ultima apparizione. Soltanto Giovanni, capo del Team Rocket e unico non presente sul luogo, ricorda tutto e non ha intenzione di lasciarsi sfuggire lo smisurato potere del Pokémon. Con una spedizione sul Monte Quena, i suoi soldati catturano tutti i Supercloni. Mewtwo deve cosě scegliere: sacrificare i suoi compagni o aiutare il Team Rocket. Il caso vuole che Ash, Misty e Brock, si trovino proprio sul Monte Quena e, pur non ricordando di averlo mai incontrato, sono disposti a tutto pur di aiutare Mewtwo. Solo grazie ad Ash la potentissima creatura riuscirŕ a capire l'importanza dell'amicizia e a riconoscere di essere un Pokémon vero e proprio.